Yoshitsune sinh ra trong thời loạn Heiji năm 1159 trong đó cha và người anh cả của ông bị giết. Ông được tha mạng và được săn sóc dưới mái đền Kurama (An Mã Tư) với pháp danh là Giá Na Vương (Shanaō), nép mình trong dãy núi Hiei gần kinh đô Kyoto, trong khi Yoritomo bị lưu đày đến tỉnh Izu. Cuối cùng, Yoshitsune được Fujiwara no Hidehira, người đứng đầu gia tộc Bắc Fujiwara hùng mạnh ở Hiraizumi, tỉnh Mutsu bảo vệ.

Năm 1180, Yoshitsune biết được việc Yoritomo, giờ là tộc trưởng gia tộc Minamoto, khởi binh theo yêu cầu của Hoàng tử Mochihito đánh lại gia tộc Taira chiếm đoạt quyền lực Thiên hoàng. Yoshitsune ngay lập tức gia nhập cùng Yoritomo, cùng với Minamoto no Noriyori, tất cả những người anh em đều chưa từng gặp mặt, trong ba trận giao tranh cuối cùng giữa hai gia tộc samurai thù địch Minamoto và Taira, còn được biết đến với cái tên Chiến tranh Genpei.

Yoshitsune đánh bại và giết người anh em họ thù địch Minamoto no Yoshinaka trong trận Awazu ở tỉnh Ōmi vào tháng đầu tiên của năm 1184, và tháng sau đó đánh bại nhà Taira trong Trận Ichi-no-Tani, ngày nay ở Kobe. Năm 1185, Yoshitsune lại một lần nữa đánh bại nhà Taira trong trận Yashima ở Shikoku và tiêu diệt họ trong Trận Dan-no-Ura, ngày nay ở tỉnh Yamaguchi.

Sau chiến tranh Genpei, Yoshisune về phe Pháp hoàng Go-Shirakawa chống lại Yoritomo. Lại một lần nữa chạy đến tìm sự bảo trợ của Fujiwara no Hidehira ở tỉnh Mutsu, Yoshisune bị phản bội, bị đánh bại trong trận Koromogawa, và bị con trai của Hidehira là Fujiwara no Yasuhira buộc phải mổ bụng tự sát seppuku bằng thanh Tantou(Đoản đao) Imanotsurugi cùng với vợ và con gái. Yoshitsune được thờ tại đền Shinto Shirahata Jinja ở Fujisawa.

Yoshitsune đã từ lâu là một nhân vật được ưa thích trong văn chương và nghệ thuật Nhật Bản, nhờ việc ông là nhân vật chính của phần thứ ba trong tác phẩm văn học cổ điển Nhật Bản Heike Monogatari (Truyện kể Heike). Thuật ngữ Nhật Bản "thương cảm cho người hùng bi kịch", hangan-biiki, xuất phát từ tước vị của Yoshitsune, hangan, mà ông được triều đình ban tặng.